L'île Ibo il est une des plus anciennes colonies au Mozambique, son histoire remonte au XVI siècle. Les commerçants arabes avaient déjà commencé 600 A.C le commerce des esclaves, d'or et d'ivoire avec les indigènes et les régions avoisinantes.
En 1498, Vasco da Gama est arrivé pour la première fois dans les Quirimbas et en 1522 les Portugais attaquèrent les îles, détruisant les fortifications Arabes existantes.
En 1590 les Portugais avaient annexé sept des neuf grandes îles, alors que seulement deux étaient encore gouvernées par les musulmans. L'île d'Ibo négociait alors principalement l'ambre, l'ivoire et les carapaces de tortues.

Vasco da Gama choisi Ibo comme base principal à cause de l'eau douce disponible et recueillie pendant les précipitations annuelles. Cela permis l'augmentation du nombre de bovins, porcs et chèvres sur l'île. Plusieurs des produits agricoles étaient alors exportées et envoyés sur l'Île de Mozambique.
Au milieu du siècle XVII, l'archipel fut régie par deux familles principales "Mzungu" (blanc) - Morues et Meneses, et l'île d'Ibo est devint alors le centre commercial de toutes les autres îles.
À la fin du XVIII siècle, les Portugais construisirent le Fort St João Baptista, pendant une époque commerciale glorieuse dû au commerce d'esclaves, conduite par la demande Française de la main-d'oeuvre à faible coût.
Ibo devint ainsi le deuxième plus important comptoir dans la région après l’île de Mozambique.

La forteresse "St. Joao Batista" fut achevée en 1791. La petite chapelle logée à l'intérieur de la forteresse fut construite en 1795, suivie par le Fort " St. Antonio"et le fort "St. José" du Quartier Rituto en 1847. Ceux-ci déterminent de par leur emplacement la forme triangulaire de la vieille ville.
Au fil des siècles XVIII et XIX, le peuple d'Ibo et des régions adjacentes furent constamment attaqués par les forces Néerlandaises et Malgaches.

En 1897, Ibo, fut intégré dans l'administration de la Compagnie Niassa, et ce fut à partir de ce moment-là que l'île et ses habitants commencèrent à profiter d'une paix et sécurité relatives.

En 1902, la capitale provinciale de Cabo Delgado fut transférée de d'Ibo à Porto Amélia, renommer Pemba, après l'indépendance qui demeure jusqu'à ce jour la capital provincial. Ce fut le début du déclin pour le commerce d'Ibo qui lentement se déplaça vers Pemba, une ville qui offrait une baie avec des eaux plus profondes. Plus tard, la guerre civile donna le coup de grâce à Ibo ayant comme conséquence la lente détérioration des exemples d'architecture coloniale Portuguaise du XIX et XX siècles, transformant Ibo en une ville fantôme.

En 2002, le Parc national des Quirimbas fut crée et avec lui Ibo émergeât d'un longue hibernation, ouvrant enfin ses portes au tourisme. Cela donna un nouvel élan économique ainsi que la conservation, préservation et restauration de son héritage et histoire fascinante.
Aujourd'hui l'Île d'Ibo grâce, à son riche passé, son architecture impérial encore merveilleusement préservée, à son caractère unique, ses arts locaux ancestrales, ses paysage et ses couleurs rouges de soleil couchant, est maintenant sur la liste de nomination du patrimoine mondial de l'UNESCO.